Pro instalaci jediného balíku je často nezbytné instalovat několik dalších, aby se uspokojily závislosti. Například pro instalaci balíku clanbomber musíte také nainstalovat balík libclanlib2. Když balík clanbomber znovu odeberete, pravděpodobně nebudete potřebovat ani balík libclanlib2. aptitude se snaží tyto situace hlídat a nepotřebné balíky typu libclanlib2 odstraňovat.

Celé to funguje velmi jednoduše. Když instalujete balík, aptitude automaticky doinstaluje všechny potřebné balíky pro splnění závislostí. Tyto balíky jsou označeny jako „instalované automaticky“. aptitude si je zapamatuje a v okamžiku, kdy na nich nezávisí žádný ručně instalovaný balík, odstraní je.^[10] V přehledu před instalací se tyto balíky objeví v podstromu nazvaném „Balíky, které se již nepoužívají a budou odstraněny“.

Stejně jako u každého jiného automatického procesu je zde riziko, že se vše nepovede tak, jak má. Třeba pokud byl balík nejprve instalovaný automaticky, ale poté se ukázalo, že je užitečný sám o sobě. Pro tyto případy máte možnost zrušit příznak „automaticky“ instalovaného balíku klávesou m. Pokud je balík již před odstraněním, můžete odstranění zrušit příkazem Balík → Instalovat (+), což mimo jiné zruší také příznak „automaticky“ instalovaného balíku.