Quoi de neuf pour Debian Med dans Lenny ?

15 février 2009

Nous sommes fiers d'annoncer la première publication de Debian Med au sein de Lenny, la nouvelle distribution stable du système d'exploitation Debian.

Le projet Debian Med montre sa bonne santé par la croissance continue de la liste des paquets qu'il propose et du nombre de ses contributeurs réguliers. Notre travail se concentre sur nos trois spécialités : l'imagerie, la bioinformatique et la pratique médicale. Durant la préparation de Lenny, nous avons mis en place de nouvelles pages web dynamiques qui présentent l'état actuel de notre projet.

Les résumés par tâche seront probablement le meilleur point d'entrée pour les futurs utilisateurs de Debian Med, car ils reflètent l'état des lieux en ce qui concerne notre travail d'intégration des logiciels médicaux dans Debian. Ils fournissent une liste de paquets prêts à installer et sont en plus un point de contact pour les utilisateurs désirant la prise en charge d'un programme particulier qui n'est pas encore disponible. Si des logiciels manquent dans notre liste de paquets disponibles, n'hésitez pas à consulter la partie résumant nos travaux en cours, et le cas échéant à nous contacter pour demander leur addition.

En plus des pages dédiées aux utilisateurs, nous générons aussi des résumés des bogues concernant les logiciels médicaux dans Debian. La page bugs est utile aux développeurs de Debian Med pour avoir un aperçu instantané des paquets nécessitant une intervention.

Imagerie médicale

Nous avons préparé beaucoup de nouveaux paquets pour des programmes acceptant les formats DICOM et Nifti, qui sont des standards importants dans le domaine de l'imagerie médicale : Aeskulap, AMIDE, dinifti, FSLview, ImageJ, PyNIfTi. Grâce à une rustine permettant l'utilisation de MySQL 5, nous pouvons continuer de distribuer CTN dans Lenny. Par contre, CTSIM, qui dépend d'une vieille version de la banque de routines WxWidgets, n'y est pas présente, mais reste disponible dans la branche instable de Debian. Lorsque CTSIM pourra utiliser la version de WxWidgets de Lenny, le projet Debian Med préparera un rétroportage officiel.

Vous pouvez trouver tous les programmes pour l'imagerie médicale dans notre méta-paquet med-imaging.

Analyse de séquence et bioinformatique.

Cette nouvelle version stable de Debian a vu arriver EMBOSS, une collection très complète d'outils pour l'analyse de séquence, avec l'une de ses interfaces web, EMBOSS Explorer, que vous pouvez utiliser localement, sur votre intranet ou sur Internet après une installation qui se limite à saisir la commande aptitude install emboss-explorer.

Debian Med distribue maintenant les programmes d'alignement multiple des séquences les plus connues. L'un d'entre eux, T-Coffee, peut fonctionner comme un méta-aligneur (M-Coffee), qui lance les programmes et combine leurs résultats dans un alignement de meilleure qualité. Son auteur nous a fait l'honneur de développer pour nous une version qui ne dépend que de logiciels libres, DM-Coffee, dans laquelle Clustal W a été remplacé par Kalign.

Dans cette première distribution de Debian Med, vous trouverez aussi des programmes pour la biologie structurale qui sont directement utiles à la médecine. La suite AutoDock permet d'évaluer l'affinité de métabolites pour leurs récepteurs protéiques, ce qui est le cœur de la recherche de nouveaux médicaments in silico. Les méta-paquets de Debian Med installent aussi d'autres logiciels de biologie structurale empaquetés par la communauté Debian Science, comme Gromacs ou PyMol.

Vous pouvez trouver tous les programmes de bioinformatique et d'analyse de séquence dans notre méta-paquet med-bio.

Diversification des logiciels médicaux.

Debian Med couvre un large champ touchant à la médecine, avec par exemple des logiciels aidant les gens à prendre soin de leur santé et de leur corps (Pondus), des logiciels pour étudier la diffusion des épidémies (Epigrass), et des programmes pour organiser le travail des praticiens médicaux (GNUMed). Le serveur GNUmed n'est pas encore disponible comme paquet Debian stable, mais peut être trouvé dans notre section expérimentale pour ceux voulant nous aider à faire des tests.

Vous pouvez trouver les programmes se rapportant à la santé et à la médecine dans nos méta-paquets med-practice, med-epi, et med-tools.