Para desligar um sistema Debian GNU/Linux em execução, não deve fazer reboot com o botão de reset na parte da frente ou detrás do seu computador, ou muito simplesmente desligar o computador. Debian GNU/Linux deve ser desligado de uma forma controlada, caso contrário podem peder-se ficheiros e/ou pode-se danificar o disco. Se corre um ambiente de desktop, normalmente existe disponível uma opção para fazer “log out” a partir do menu de aplicações que lhe permite desligar (ou reiniciar) o sistema.

Em alternativa pode pressionar a combinação de teclas Ctrl+Alt+Del . Se a combinação de teclas não funcionar, a última opção é entrar como root e escrever os comandos necessários. Utilize reboot para reiniciar o sistema. Utilize halt para parar o sistema sem o desligar ^[14] Para desligar a máquina, use poweroff ou shutdown -h now. O sistema init de systemd proporciona comandos adicionais que podem fazer as mesmas funções; por exemplo systemctl reboot ou systemctl poweroff.