Αν έχετε ήδη ένα άλλο λειτουργικό σύστημα όπως DOS ή Windows και θέλετε να το διατηρήσετε κατά την εγκατάσταση του Debian, πιθανόν να χρειαστεί να αλλάξετε το μέγεθος της κατάτμησης στην οποία βρίσκεται αυτό το λειτουργικό ώστε να απελευθερώσετε χώρο για την εγκατάσταση του Debian. Ο εγκαταστάτης υποστηρίζει την αλλαγή μεγέθους κατατμήσεων με σύστημα αρχείων τόσο FAT όσο και NTFS. Όταν φτάσετε στο βήμα του εγκαταστάτη για τη διαμέριση, επιλέξτε Χειροκίνητα, και στη συνέχεια απλά επιλέξτε μια υπάρχουσα κατάτμηση και αλλάξτε το μέγεθός της.

Το BIOS του PC προσθέτει γενικά επιπλέον περιορισμούς στην διαμέριση των δίσκων. Υπάρχει ένα όριο στο πόσες «κύριες» και πόσες «λογικές» κατατμήσεις μπορεί να περιέχει ένας δίσκος. Επιπλέον, για κάποια BIOS προγενέστερα από το 1994–98 υπάρχουν περιορισμοί σχετικά με το σημείο του δίσκου από όπου μπορεί να εκκινήσει το BIOS. Περισσότερες πληροφορίες μπορούν να βρεθούν στο Linux Partition HOWTO, αλλά αυτή η ενότητα περιέχει μια σύντομη επισκόπηση που θα σας βοηθήσει σε έναν σχεδιασμό για τις περισσότερες περιπτώσεις.

Οι «κύριες» κατατμήσεις είναι το αρχικό σχήμα διαμέρισης για δίσκους σε PC. Όμως μπορούν να υπάρχουν μόνο μέχρι τέσσερις από αυτές. Για να ξεπεραστεί αυτός ο περιορισμός εφευρέθηκαν οι «εκτεταμένες» και οι «λογικές» κατατμήσεις. Καθιστώντας μια από τις κύριες κατατμήσεις σας σαν εκτεταμένη, μπορείτε να υποδιαιρέσετε ολόκληρο το χώρο που αποδίδετε στην κατάτμηση αυτή σε λογικές κατατμήσεις. Μπορείτε να δημουργήσετε μέχρι 60 λογικές κατατμήσεις για κάθε εκτεταμένη κατάτμηση, μπορείτε όμως να έχετε μόνο μια εκτεταμένη κατάτμηση για κάθε δίσκο.

Το Linux περιορίζει τις κατατμήσεις ανά δίσκο στις 255 κατατμήσεις για SCSI δίσκους (3 χρησιμοποιήσιμες κύριες και 252 λογικές κατατμήσεις) και 63 για ένα δίσκο IDE (3 χρησιμοποιήσιμες κύριες και 60 λογικές κατατμήσεις). Όμως ένα συνηθισμένο σύστημα Debian GNU/Linux παρέχει μόνο μέχρι 20 συσκευές για κατατμήσεις, οπότε δεν θα πρέπει να εγκαταστήσετε σε κατατμήσεις πάνω από την 20η αν δεν έχετε πριν δημιουργήσει χειροκίνητα συσκευές για αυτές τις κατατμήσεις.

Αν έχετε έναν μεγάλο δίσκο IDE και δεν χρησιμοποιείτε ούτε διευθυνσιοδότηση LBA ούτε υπερκάλυψη δίσκων (οδηγών) (που μερικές φορές παρέχεται από μερικούς κατασκευαστές σκληρών δίσκων) τότε η κατάτμηση εκκίνησης (η κατάτμηση που περιέχει την εικόνα του πυρήνα) θα πρέπει να τοποθετηθεί στους πρώτους 1024 κυλίνδρους του σκληρού σας δίσκου (συνήθως γύρω στα 524ΜΒ χωρίς την μετάφραση από το BIOS).

Αυτός ο περιορισμός δεν υφίσταται αν έχετε ένα BIOS μεταγενέστερπ από το 1995–98 (ανάλογα με τον κατασκευαστή) που υποστηρίζει τον προσδιορισμό «Enhanced Disk Drive Support Specification». Τόσο το LILO, o φορτωτής εκκίνησης του Linux, όσο και το εναλλακτικό mbr του Debian θα πρέπει να χρησιμοποιήσουν το BIOS για να διαβάσουν τον πυρήνα από τον δίσκο στην μνήμη RAM. Αν οι επεκτάσεις int 0x13 του BIOS για την πρόσβαση μεγάλων δίσκων είναι παρούσες θα χρησιμοποιηθούν. Διαφορετικά, το παλιότερο interface πρόσβασης δίσκου θα χρησιμοποιηθεί σαν λύση ασφαλείας, που δεν μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την διευθυνσιοδότηση οποιουδήποτε μέρους του δίσκου πέρα από τον 1023ο κύλινδρο. Από την στιγμή της εκκίνησης του Linux όμως όλοι αυτοί οι περιορισμοί δεν ισχύουν πια αφού το Linux δεν χρησιμοποιεί το BIOS για την πρόσβαση των δίσκων.

Αν έχετε έναν μεγάλο δίσκο ίσως να πρέπει να χρησιμοποιήσετε τεχνικές "μετάφρασης" κυλίνδρων, τις οποίες μπορείτε να ενεργοποιήσετε από το πρόγραμμα ρυθμίσεων του BIOS, τέτοιες όπως LBA (Logical Block Addressing) ή CHS translation mode («Large»). Περισσότερες πληροφορίες για ζητήματα σχετικά με μεγάλους δίσκους μπορούν να βρεθούν στο Large Disk HOWTO. Αν χρησιμοποιείτε ένα σχήμα μετάφρασης κυλίνδρων και το BIOS σας δεν υποστηρίζει τις επεκτάσεις πρόσβασης μεγάλων δίσκων, τότε η κατάτμηση εκκίνησης σας θα πρέπει να βρίσκεται μέσα στην μεταφρασμένη αναπαράσταση του 1024ου κυλίνδρου.

Ο συνιστώμενος τρόπος για να το πετύχετε αυτό είναι να δημιουργήσετε μια μικρή (25–50ΜΒ επαρκούν) κατάτμηση στην αρχή του δίσκου, η οποία θα χρησιμοποιηθεί σαν κατάτμηση εκκίνησης, και στη συνέχεια να δημιουργήσετε τις όποιες άλλες κατατμήσεις θέλετε στον χώρο του δίσκου που περισσεύει. Αυτή η κατάτμηση εκκίνησης πρέπει να είναι προσαρτημένη στο σημείο προσάρτησης /boot, μιας και αυτός είναι ο κατάλογος όπου θα πρέπει να αποθηκεύονται οι πυρήνες του Linux. Αυτή η διαμόρφωση θα δουλέψει σε οποιοδήποτε σύστημα άσχετα από την χρήση LBA ή CHS μετάφρασης μεγάλων δίσκων και ανεξάρτητα από το αν το BIOS σας υποστηρίζει τις επεκτάσεις πρόσβασης μεγάλων δίσκων.