Debian 和其它的發行版有些不同。即使您熟悉其它發行版的 Linux，您也應該了解 Debian 的一些東西，以便保持您的系統處在整潔良好的狀態。本章包含的內容可以幫助您了解 Debian﹔但這並不是一個如何使用 Debian 的入門指南，而僅僅是對整個系統的一個粗略的介紹。
要掌握的最重要概念是 Debian 的軟體套件系統。事實上，您系統的絕大部分都該由軟體套件系統來控制。包括：
/usr (除了 /usr/local 之外)
/var (您可以建立 /var/local，在那裡面進行安全的操作)
/bin
/sbin
/lib
例如，如果您替換了 /usr/bin/perl，它可以正常工作，但以後您升級了 perl 軟體套件，那個檔案仍將被替換回來。有經驗的使用者可以將軟體套件設置為 ``hold'' 狀態，以避免這種情況，這需要使用 aptitude。
apt 是最好的安裝方法之一。您可以使用命令列模式的 apt-get 或者全螢幕文字模式的 aptitude。注意 apt 也可以讓您合並 main，contrib 以及 non-free 版本的軟體套件，從而使您可以在使用標準版本的同時使用限制出口的軟體套件。
可選版本的應用程式可以透過 update-alternatives 來管理。 如果您維護著多個版本的應用程式，請參閱 update-alternatives 的 man 手冊。
任何系統管理員權限內的任務都必須位於 /etc 內，這是因為它們都是設定檔。如果您有一些需要以管理員身份每天 (daily)，每周 (weekly) 或每月 (monthly) 執行的定期任務，請將它們放置在 /etc/cron.{daily,weekly,monthly} 中。它們將在 /etc/crontab 中被啟用，然後按照檔案名稱的字典順序依次執行。
另一方面，如果您有某個定期任務需要以某個特定的使用者身份執行，或者需要在某個特定時刻或以特定周期執行，您也許可以使用 /etc/crontab 或 /etc/cron.d/whatever，後者會更好一些。這些特殊的檔案可以包含額外的設定項目，允許您指定運行該定期任務的使用者帳戶。
在任何情況下，您只需編輯這些檔案，cron 將會自動處理它們。沒有必要再執行某個特殊的指令。欲了解更多的資訊，請參閱 cron(8)，crontab(5)，以及 /usr/share/doc/cron/README.Debian。