Debian GNU/Linux 依照 檔案系統層次標準 (Filesystem Hierarchy Standard) 為目錄以及檔案命名。這個標準允許使用者以及軟體程式預測檔案及目錄的位置。根層次目錄只是簡單表現為 /。在根層次，所有的 Debian 系統包括這些目錄：
| 目錄 | 內容 |
|---|---|
bin |
基礎命令執行檔案 |
boot |
boot loader的靜態鏈結檔案 |
dev |
裝置檔案 |
etc |
主機特定的系統設定 |
home |
使用者家目錄 |
lib |
基本共享程式庫以及核心單元 |
media |
包含移動媒介的掛載點 |
mnt |
暫時掛載檔案系統的掛載點 |
proc |
系統資訊的虛擬目錄(2.4 和 2.6 內核) |
root |
根使用者的家目錄 |
sbin |
基本的系統執行檔案 |
sys |
系統資訊的虛擬目錄(2.6 內核) |
tmp |
暫存檔 |
usr |
第二層次 |
var |
變動資料 |
opt |
附加的應用程式軟體套件 |
下面列出關於目錄和分割區的重要考量。要注意硬碟的使用隨系統設定和特定用途有很大變化。這裡的建議是一般導引，提供分割區的基本分割方式。
根分割區 / 必須包含 /etc、/bin、/sbin、/lib 以及 /dev，否則您將不能開機。 root 分區通常需要 150–250MB 大小空間。
/usr：包含所有的使用者程式(/usr/bin)、函式庫(/usr/lib)、文件檔案(/usr/share/doc)，等等。這是檔案系統耗費最多的空間的部分。您至少需要 500MB 磁碟空間。總容量與您要安裝的軟體套件數量和類型成正比。大的工作站或伺服器安裝需要 4-6 GB。
/var：所有的可變資料，如新的文章，電子郵件，網站，資料庫，套件系統快取等等，將被置入這個目錄下。這個目錄的大小取決於您對系統的使用，但是對大多數人來說主要取決於套件管理工具的額外負擔。如果您準備做完整的安裝，包含 Debian 提供的所有程式，為/var 保留 2 或 3GB 的空間應該滿足需求。如果您準備分開安裝(也就是說，安裝服務程式和工具，然後是文本處理工具，接著是 X，...)，您可以在 /var 下預留 300—500 MB。如果硬碟空間不足，而且您不打算做主要的系統升級，您甚至可以配置更少的空間，大概約 30-40MB
/tmp: 程式製造出的暫存檔大都存到這個目錄，通常 40–100 MB 便足夠。一些應用程式 — 包括檔案處理器，CD/DVD 製作工具，和多媒體軟體 — 可能會使用 /tmp 臨時儲存映像檔。如果您要使用這些程式，應該依據需要調整 /tmp 目錄的大小。
/home：每個使用者將他的個人資料放置在這個目錄的子目錄下。其大小取決於有多少使用者將使用系統和有什麼文件放在他們的目錄下。根據您計畫的使用量，您應該為每個使用者預留 100MB 空間，不過這個值應該依照您的需求設定。假如您的家目錄計畫保存大量的多媒體檔案(MP3，電影)，您該預留更多的空間。