Debian GNU/Linux 依照 文件系统层次标准 (Filesystem Hierarchy Standard) 安排文件以及文件命名。这个标准允许用户以及软件程序预测文件以及目录的位置。根层次目录只是简单表现为 /。在根层次，所有的 Debian 系统包括这些目录：
| 目录 | 内容 |
|---|---|
bin |
基础命令执行文件 |
boot |
启动引导器的静态链结文件 |
dev |
设备文件 |
etc |
主机特定的系统配置 |
home |
用户活动目录 |
lib |
基本共享库以及内核模块 |
media |
包含移动介质的挂载点 |
mnt |
用于临时挂接一个文件系统 |
proc |
系统信息的虚拟目录(2.4 和 2.6 内核) |
root |
根用户的活动目录 |
sbin |
基本的系统级程序 |
sys |
系统信息的虚拟目录(2.6 内核) |
tmp |
临时文件 |
usr |
第二层次 |
var |
活动数据 |
opt |
附加的应用程序软件包 |
下面列出关于目录和分区的重要考虑。要注意磁盘的使用随系统配置和特定用途有很大变化。这里所推荐的是通用指引，提供一个分区的起点。
根分区 / 必须总是物理地包含 /etc，/bin，/sbin，/lib 以及 /dev，否则您将不能引导。典型的 root 分区需要 150–250MB 大小空间。
/usr：包含所有的用户程序(/usr/bin)，库文件(/usr/lib)，文档(/usr/share/doc)，等等。这是文件系统需要最多的空间的部分。您需要提供至少 500MB 磁盘空间。总容量的增长依据您要安装的软件包数量和类型。大的工作站或服务器安装应该需要 4-6 GB。
/var：所有的可变数据，如新的文章，电子邮件，网站，数据库，软件包系统的缓存等等，将被放置入这个目录。这个目录的大小取决于您对计算机的使用，但是对于大多数人来说将主要用在软件包系统的管理工具。如果您准备一次性地做一个完整的安装，包含 Debian 提供的所有程序，/var 下面 2 或 3GB 的空间应该满足需求。如果您准备逐次安装(也就是，安装服务程序和工具，然后是文本处理工具，然后是 X，...)，您可以在 /var 下准备 300—500 MB。如果硬盘空间很紧张，并且您不准备做主要的系统升级，您可以为 /var 配置 30-40MB 大小。
/tmp: 程序创建的临时数据大都存到这个目录。通常 40–100 MB 应该足够。一些应用程序 — 包括档案处理器，CD/DVD 制作工具，和多媒体软件 — 可能会使用 /tmp 临时保存映像文件。如果您要使用这些程序，应该依据需要调整 /tmp 目录的大小。
/home：每个用户将放置他的个人数据到这个目录的子目录下。其大小取决于有多少用户将使用系统和有什么文件放在他们的目录下。取决于您计划的使用量，您应该为每个用户准备 100MB 空间，不过这个值应该迎合您的需求。假如您的 home 目录计划保存大量的多媒体文件(MP3，电影)，您该预备更多的空间。