Ciao Leonardo,
1) Dipende da quale versione del SO ci carichi, quelle più recenti si, usa una libreria che si chiama gpiod, il metodo precedente obsoleto, non permetteva di utilizzare l'io al meglio. Il sistema operativo che usa Raspberry è una debian modificata, scaricabile sia con l'interfaccia grafica che senza
2) Non c'è differenza, l'IO lo leggi sempre tramite la libreria gpiod, in C oppure python [credo], se ho capito bene la domanda ...
ti consiglio il testo 'Raspberry Pi IOT in c. Using linux Drivers' seconda edizione di Harry Fairhead. Un testo illuminante ...