Нашёл любопытную статью на Хабре про оптимизацию серверов "одноглазников.ру":
http://habrahabr.ru/company/odnoklassniki/blog/266005
Выдержка:
"Дефрагментация запускается только тогда, когда свободная память опускается ниже определённой отметки (zone watermark), и в нашем случае это происходило слишком поздно. Единственный способ заставить её запускаться раньше — это повысить min_free_kbytes через sysctl. Данный параметр говорит ядру стараться держать часть памяти свободной, а чтобы удовлетворить это требование, ему приходится запускать дефрагментацию раньше. В нашем случае хватило значения в 1 Гбайт."