Pakettien hallinta pitää kirjaa tietokoneellesi asennetuista ohjelmistoista ja mahdollistaa uusien ohjelmistojen asennuksen sekä ohjelmistojen päivityksen ja poistamisen. Kuten nimestä voi jo päätellä, pakettien hallinta käsittelee paketteja, tiedostojen kokoelmia, jotka asennetaan ja poistetaan ryhminä.

Usein paketti on vain jokin yksittäinen ohjelma. Esimerkiksi pikaviestintäohjelma gaim löytyy samannimisestä Debian-paketista. On myös yleistä, että ohjelma koostuu useista toisiinsa liittyvistä paketeista. Esimerkiksi gimp-kuvankäsittelyohjelmaan kuuluu gimp-paketin lisäksi myös gimp-dataaketti. Siihen on myös saatavilla useita valinnaisia lisäpaketteja (sekalaisia datatiedostoja, oppaita jne.). Toisinaan myös useita samankaltaisia ohjelmia on niputettu yhteen pakettiin. Tästä esimerkkinä on paketti fileutils, joka sisältää yleisiä Unix-komentoja kuten ls, cp jne.

Jotkin paketit vaativat toisia paketteja toimiakseen. Debianissa paketit voivat riippua toisista paketeista, suositella tai ehdottaa niitä tai olla ristiriidassa niiden kanssa.

Paketinhallintaohjelma tarjoaa käyttöliittymän, joka helpottaa järjestelmään asennettujen pakettien hallintaa. aptitude on tällainen ohjelma, joka on rakennettu apt-kirjaston päälle.