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Le paquet APT comporte actuellement deux parties : la méthode APT pour dselect et l'interface en ligne de commande apt-get. Les deux fournissent des méthodes d'installation et de suppression de paquets ainsi que de téléchargement de nouveaux paquets par Internet.
Le système de gestion de paquets de Debian intègre de nombreuses informations associées à chaque paquet afin de garantir qu'il s'intègre proprement et facilement sur le système. Une des fonctionnalités les plus immédiatement visibles est le système de gestion des dépendances.
Le système de gestion des dépendances permet aux programmes de partage des éléments du système, tels que les bibliothèques de fonctions. Il permet d'isoler dans des paquets spécifiques certains parties moins utilisées des programmes afin de limiter le nombre d'éléments que l'utilisateur ordinaire a besoin d'installer. Ce système de gestion des dépendances permet également d'effectuer des choix parmi les divers agents de transport de courrier électronique, les serveurs X et d'autres cxomposants du système.
La première étape de compréhension de la gestion de dépendances est d'examiner le fonctionnement d'une dépendance simple. Une dépendance simple est le cas où un paquet donné a besoin qu'un autre paquet soit installé simultanément pour pouvoir fonctionner correctement.
Par example, mailcrypt est une extension à Emacs qui permet de gérer le courrier électronique chiffré avec GPG. Si GPG n'est pas installé, mailcrypt est inutile. Donc le paquet mailcrypt a une dépendance simple sur GPG. De plus, étant une extension à Emacs sans lequel il est totalement inutile, il a une dépendance simple sur emacs.
Un autre type de dépendance importante est la dépendance en conflit. Cela signifie qu'un paquet ne fonctionne pas lorsqu'il est installé en même temps qu'un autre paquet donné, ce qui peut même être dommageable pour le système. Un exemple est par exemple constitué par les agents de transport de courrier tels que sendmail, exim ou qmail. Il n'est pas possible d'installer deux agents de transport de courrier simultanément puisque les deux ont besoin d'être à l'écoute sur le réseau pour recevoir le courrier électronique. Installer deux programmes de ce type sur le même système pourrait conduire à des pertes de données, ce qui explique que tous les agents de transport de courrier électronique soient établis comme étant en conflit les uns avec les autres.
Il existe également la possibilité pour un paquet donné de prétendre être un autre paquet. Par exemple, exim et sendmail sont analogues sur de nombreux aspects ; ils servent tous deux à acheminer le courrier électronique et leur interface d'utilisation est la même. Pour cette raison, le système de gestion des paquets leur fournit la possibilité d'indiquer qu'ils sont chacun un agent de transport de courrier (« mail transport agent ») en indiquant qu'ils fournissent (« Provides ») « mail-transport-agent ». Ainsi, un paquet qui a besoin de cette fonctionnalité peut dépendre simplement d'un paquet « mail-transprot-agent ». Cette fonctionnalité utile peut toutefois rendre la correction de certains défauts des paquets plus complexe.
À un instant donné, une dépendance donnée peut être ou pas remplie par des paquets installés ou pas encore installés. APT tente donc de résoudre les problèmes de dépendances par l'intermédiaire d'un certain nombre d'algorithmes automatiques qui simplifient le choix des paquets à installer.